蛋白酶Ｋ主要應用于基因檢測中基因抽取，是檢測試劑盒生產的重要原料，蛋白酶K產品由于在尿素和SDS中仍然具有降解天然蛋白質的能力，因而被廣泛應用于制備脈沖電泳的染色體DNA，以及去除DNA和RNA中的核酸酶。現有基因抽提及檢測試劑盒中均需配備該酶。
　　蛋白酶K跟蛋白酶有什么區別：
　　蛋白酶K廣泛應用于分子生物學,藥理學等科研方面.一種非特異性、枯草桿菌蛋白酶相關的絲氨酸蛋白酶,具有很高的比活性.一般儲存在-20°C,避光防潮密閉干燥。
　　蛋白酶是所有能夠催化分解蛋白質的酶類的統稱,而蛋白酶K則是特指一種枯草蛋白酶類的高活性蛋白酶,用于生物樣品中蛋白質的降解,比如在提取DNA時溶解DNA的水中就有一定量的蛋白酶K.所以它們不屬于同一個產品。
　　蛋白酶K配制標準：20mg/ml蛋白酶K配制標準(proteinaseK)：將200mg的蛋白酶K加入到9.5ml水中，輕輕搖動，直至蛋白酶K*溶解。不要渦旋混合。加水定容到10ml，然后分裝成小份貯存于-20℃。
　　蛋白酶K的保存：保存在-20℃冰箱里，避免反復凍融，有效保證12月。
　　孵育溫度為55至65℃，理想孵育溫度為58℃，孵育時間為15分鐘至48小時;理想孵育時間為2小時。
　　作用：蛋白酶K在原位雜交技術中通常用于雜交前的處理，它具有消化包圍靶DNA蛋白質的作用，以增加探針與靶核酸結合的機會，提高雜交信號.但蛋白酶K的濃度過高、消化時間過長或孵育溫度過高時，都會對細胞的結構有一定的破壞，導致組織切片的脫落，細胞核?的消失，從而影響雜交結果。EDTA緩沖液可以替代蛋白酶K的作用，解決上述出現的問題，并能達到理想的染色效果。